O Hospital São Francisco se preocupa com a qualidade dos serviços prestados e com a segurança dos pacientes atendidos. A fim de melhorar a assistência prestada ao paciente, foi instituído o Núcleo de Segurança do Paciente em 2018. Por meio da adoção de boas práticas focadas na prevenção e eliminação dos riscos no ambiente hospitalar. O Comitê é formado por funcionários de diferentes áreas do hospital .
A cultura de segurança e a qualidade dos serviços prestados é uma meta constante incentivada pela instituição. O Hospital São Francisco de Assis norteia seus padrões de qualidade por meio da adoção de recomendações da Organização Mundial da Saúde (OMS) que monitoram indicadores e discutem medidas de melhoria para o hospital e na assistência e segurança do paciente
